乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析
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基金项目:山东省医药卫生科技发展计划项目( 202203100054 );青岛西海岸新区 2020 年度科技惠民项目(2020-44 )。


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    [摘 要] 目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌脑转移瘤差异表达的核心基因。方法 从 GEO 数据库下载 GSE125989 数据集,运用 GEO 在线分析工具 GEO2R 分析数据集的差异基因。利用在线工具DAVID对差异表达基因进行 GO 功能注释和 KEGG 通路富集分析,将获得的差异表达基因数据输入 STRING 数据库并通过 Rstudio 进行可视化。利用 Rstudio 的CytoHubba插件筛选核心基因。利用 Kaplan-Meier Plotter 在线工具验证核心基因与总生存期的关系。结果 经 GEO2R 工具筛选出 22 277 个基因,进一步筛选集中获得差异表达基因74 个, GO 功能注释发现,差异表达基因主要在细胞外基质组织等方面显著富集; KEGG 通路主要在蛋白质消化吸收等通路富集。通过CytoHubba插件以度筛选出 PPI 网络中排名前 10 位的差异表达基因为核心基因。生存分析显示 DCN 、 ELN 与患者总生存期具有显著的相关性。结论 本研究共筛选出 2 个与乳腺癌脑转移预后相关的核心基因,分别为 DCN 、 ELN 。

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引用本文

吴双丽,徐敬宣,邢 龙.乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析[J].现代医药卫生,2023,39(18):3065-3069

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