基于转录组数据分析的妊娠乳腺癌复发关键基因识别研究*
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* 基金项目:广东省卫生健康委员会医学科研基金项目(A2023169)。


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    [摘 要] 目的 通过转录组数据分析,识别妊娠乳腺癌复发的关键基因。方法 下载GEO 数据库中与 妊娠乳腺癌相关的基因集GSE53031的基因表达谱。利用“limma”软件包中的Wilcoxon检验方法对妊娠乳腺 癌复发组和非复发组患者之间的基因表达差异进行分析。使用R软件包“ClusterProfiler”对这些差异基因进 行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用STRING 在线数据库 构建差异基因的蛋白质相互作用网络(PPI网络),并使用“igraph”包对PPI网络进行分析以识别妊娠乳腺癌复 发的关键基因。借助Kaplan-Meier(KM)方法和单因素Cox回归分析评估关键基因与妊娠乳腺癌患者无复发 生存之间的关系。结果 在数据集GSE63514中,获得840个在妊娠乳腺癌复发样本中表达差异显著的基因, 其中上调基因390个和下调基因450个。GO 功能注释和KEGG 通路富集分析结果显示,多个差异表达基因 在细胞周期调控、错配修复、RNA 降解、DNA 复制、乳腺癌、p53信号通路等条目中显著富集。PPI网络分析结 果显示,将网络中排名前10的节点基因:PLK1、STAT3、SRC、UHRF1、UBE2C、UBE2T、TRIP13、RAD51、 MYC和TPX2初步定义为妊娠乳腺癌复发的关键基因。KM 分析和单因素Cox分析结果均显示,PLK1、 UBE2C、UBE2T、TRIP13、RAD51和TPX2是妊娠乳腺癌复发的风险基因[P <0.05,风险比(HR )>1],而 STAT3则是妊娠乳腺癌复发的保护基因(P <0.05,HR <1)。UBE2C、TPX2、UBE2T、TRIP13、PLK1、 RAD51和STAT3确定为最终识别出的妊娠乳腺癌复发关键基因。结论 研究识别出7个妊娠乳腺癌复发的 关键基因(UBE2C、TPX2、UBE2T、TRIP13、PLK1、RAD51和STAT3),为后续开展妊娠乳腺癌复发研究提供 了候选分子。

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引用本文

尹金宝,唐泽立,梁 兰△.基于转录组数据分析的妊娠乳腺癌复发关键基因识别研究*[J].现代医药卫生,2024,40(11):1823-1828

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  • 在线发布日期: 2024-06-20
  • 出版日期: 2024-06-15
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