目的分析重庆市合川区发热伴呼吸道感染患者的病原体流行病学特征。方法选取2022-2023年重庆市合川区某医院246例发热伴急性呼吸道感染患者，采用多重聚合酶链反应(PCR)法对甲型/乙型流感病毒、新型冠状病毒（SARS-CoV-2）、呼吸道合胞病毒（RSV）等18种病原体进行检测,同时应用实时荧光定量PCR法开展SARS-CoV-2、流感病毒及其分型检测，分析呼吸道病原体感染情况，并比较2种检测方法的一致性。结果246例患者中，呼吸道病原体阳性159例，其中1种以上病原体感染144例（58.54%）。不同性别患者呼吸道病原体总检出率比较，差异无统计学意义（P>0.05）。不同性别患者各种呼吸道病原体检出率比较，差异无统计学意义（P>0.05）。不同年龄段患者呼吸道病原体总检出率比较，差异有统计学意义（P<0.05）。不同年龄段患者流感病毒、RSV检出率比较，差异有统计学意义（P<0.05），而其他呼吸道病原体检出率比较，差异无统计学意义（P>0.05）。不同季节就诊患者呼吸道病原体总检出率比较，差异有统计学意义(P<0.05)。不同季节就诊患者H3N2+SARS-CoV-2、H1N1、SARS-CoV-2检出率比较，差异有统计学意义(P<0.05)，而其他呼吸道病原体检出率比较，差异无统计学意义（P>0.05）。对于SARS-CoV-2、流感病毒，多重PCR技术和实时荧光定量PCR法敏感性基本一致，二者具有较好的一致性。结论流感病毒是2022-2023年重庆市合川区发热伴呼吸道感染患者致病的主要病原体，其他病原体混合感染的情况也并不少见。对于SARS-CoV-2和流感病毒，多重PCR法和实时荧光定量PCR法敏感性基本一致。