目的了解上海市普陀区16起聚集性呕吐腹泻疫情中诺如病毒的基因分型和流行特征,为辖区和全市诺如病毒引起的聚集性呕吐腹泻疫情的处置与防控提供技术支撑和数据参考。方法收集2018-2019年上海市普陀区16起聚集性呕吐腹泻疫情所涉及人群的肛拭标本136份。采用实时荧光聚合酶链反应方法检测诺如病毒核酸，典型病例阳性标本采用实时荧光聚合酶链反应扩增聚合酶-衣壳蛋白连接区并进行测序，通过生物信息工具进行基因分型和构建进化树。结果136份标本中诺如病毒GⅡ组核酸阳性62份（45.59%），GⅠ组核酸阳性0份。42份诺如病毒测序成功，通过序列比对分析获得4种基因型别。16起聚集性呕吐腹泻疫情中9起疫情是GⅡ.P16-GⅡ.2型（56.25%）， 2起疫情是GⅡ.P7-GⅡ.6型（12.50%），2起疫情是GⅡ.P12-GⅡ.3型（12.50%），3起疫情是GⅡ.Pe-GⅡ.4型（18.75%）。结论诺如病毒是引起2018-2019年上海市普陀区聚集性呕吐腹泻疫情的重要病原体，以GⅡ组为主，有多种基因型别，其中GⅡ.P16-GⅡ.2型为主要流行株。