目的探索焦虑患者与健康人群肠道菌群的差异，以及氟哌噻吨美利曲辛片对焦虑患者肠道菌群的影响。方法选取2022年1月至2023年6月浙江省人民医院毕节医院就诊的焦虑患者6例为研究组，另选取6例健康成年人作为对照组，比较2组汉密尔顿焦虑量表（HAMA）、医院焦虑抑郁情绪测量表（HAD）评分。同时，收集研究组粪便标本，根据治疗时间分为CK组（治疗前）和FPMLT组（治疗后）。对照组给予常规宣教，在第4周收集粪便标本，设为CON组，并对粪便标本进行测序分析。结果治疗前，研究组HAMD、HAD评分分别为（37.33±2.94）、（28.83±2.79）分。治疗后，研究组HAMD、HAD评分分别为（12.83±2.93）、（12.00±2.61）分，与治疗前比较，差异有统计学意义（P＜0.05）。CON组Sob、Ace、Chao、Shannon指数显著高于CK组，CK组Simpson指数显著高于CON组，差异有统计学意义（P＜0.05）。在不同分类学水平上，研究组与对照组肠道菌群组成明显不同，经氟哌噻吨美利曲辛片治疗后，研究组肠道菌群结构有所改变。CK组以Bacilli和Enterococcaceae为特征物种，CON组以Clostridia和Bacteroidota为特征物种，FPMLT组以Lactobacillaceae、Streptococcaceae和Blautia为特征物种。结论焦虑人群与健康人群肠道菌群之间存在一定差异，氟哌噻吨美利曲辛片治疗焦虑的同时可引起肠道菌群变化。而且，Blautia、s_unclassified_g_Blautia可能是潜在的关键物种。