目的探讨宏基因组二代测序（mNGS）技术在脓毒症病原学诊断中的诊断价值。方法回顾性分析2021年9月至2023年9月内蒙古科技大学包头医学院第二附属医院重症医学科收治的72例脓毒症患者，并根据mNGS检测结果将其分为mNGS阳性组（56例）和mNGS阴性组（16例）。比较2组临床资料，分析血培养及mNGS技术的检出率、检测时间，以及抗生素对病原体检出率的影响等。结果mNGS阳性组、mNGS阴性组临床资料［C-反应蛋白(CRP)水平除外］比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。mNGS检出率［77.78%（56/72）］高于血培养检出率［38.89%(28/72）］，差异有统计学意义（P＜0.001）。mNGS检测时间为（2.11±0.46）d，显著短于血培养的（5.39±1.34）d，差异有统计学意义（P＜0.05）。血培养及mNGS检测方法一致性中等（Kappa=0.412，P＜0.01）。在入科前使用抗生素的54例患者中，mNGS检出率显著高于血培养，差异有统计学意义（P＜0.001）。在入科前未使用抗生素的18例患者中，2种检测方法的检出率比较，差异无统计学意义（P=0.687）。CRP水平是mNGS阳性检出率的影响因素（P=0.015，OR=1.024，95%CI：1.005~1.044）。治疗期间换用抗生素患者28 d预后情况与未换用抗生素患者比较，差异无统计学意义（P=0.963）。结论mNGS技术对脓毒症患者病原体的检测能力优于血培养，且耗时短，可检测出罕见病原体，可为早期靶向抗感染治疗提供参考意见，而且，CRP可作为选择mNGS检测的指标之一。