2023年2月该院呼吸与危重症医学科收治1例运用靶向二代测序（tNGS）技术确诊的鹦鹉热衣原体重症肺炎患者，其因畏寒、发热伴头痛7 d伴胸闷、喘气2 d入院，初步诊断考虑重症肺炎、急性呼吸衰竭。对患者进行全面的实验室和影像学检查后，重症肺炎病因仍未查明。运用tNGS技术对患者肺泡灌洗液样本检出鹦鹉热衣原体（序列数757），从入院至确诊时间仅3 d。确定病原体后及时调整抗菌药物，采用莫西沙星治疗获得良好疗效。鹦鹉热衣原体感染可导致人类重症肺炎及急性呼吸衰竭，因其临床表现无特异性及传统病原学检测方法的局限性，导致早期诊断具有挑战性和治疗不及时。tNGS技术作为一种快速、准确、经济的病原微生物诊断方法，对早期诊断感染病原体不明的重症肺炎具有重要价值。